Дженсен Эклс родился в семье актёра Алана Роджера Эклса и Донны Джоан Шеффер. Родители назвали сына Дженсеном, так как считали это имя редким.

Актёрская карьера Дженсена Эклса началась в 1996 году, когда он появился в эпизодических ролях в таких телесериалах, как «Мистер Роудс», «Школа в Ласковой долине», и «Сибилл». В 1997 году он получил роль Эрика Брэйди в сериале телеканала NBC «Дни нашей жизни».

В 2000 году Дженсен ушёл из сериала «Дни нашей жизни», чтобы сняться в мини-сериале «Блондинка», повествующем о жизни Мэрилин Монро. Он также проходил прослушивание на роль Кларка Кента в сериале «Тайны Смолвиля», но эта роль досталась Тому Уэллингу. В 2001 году Дженсен снялся в телесериале Джеймса Камерона «Тёмный ангел» (телеканал Fox) в эпизодической роли Бена/Х5-493...